| 國家體育總局下屬公司提取個人獎酬金1.31億元
2002年底和2003年初，國家體育總局決定，由體育彩票管理中心，體育總局服務中心所屬華體實業總公司，體育報社及31個省(自治區、直轄市)體育局所屬單位共同投資持股，成立中體彩科技發展有限公司和北京中體彩印務技術有限公司，並將按體育彩票年度銷售額3%集中收取的發行費，留下0.2%作爲彩票管理中心基本費用，其餘2.8%全部撥付給兩公司運作。
2003年和2004年，體育彩票管理中心共付給兩公司彩票發行費9.69億元，扣除全部成本費用，兩公司獲利高達5.58億元。
經體育總局批准後，中體彩科技發展有限公司已支出1.3億元購買一棟綜合樓，擬部分用於對外出租；此外，兩公司提取個人獎酬金1.31億元。
彩票管理中心負責人在擔任原體育總局體育彩票協調工作領導小組成員兼辦公室負責人及北京中體彩印務技術有限公司董事長期間，與私企聯手造假，2003年2月至2005年1月造成國家彩票專項資金流失2341.26萬元。
國家體育總局在北京體育大學國家隊訓練設施建設項目——塑膠田徑場工程和變電室工程2003年已獲國家發改委批覆的情況下，2004年10月，又重複批准並安排上述兩個項目資金1947萬元。
2002年，國家體育總局所屬北京體育大學虛報維修項目，以並不存在的網球館申請“網球館改造”項目預算300萬元，2003年又申請追加200萬元。國家體育總局均批覆同意，並將款項撥付給北京體育大學。
中國民用航空總局私設8千多萬元的小金庫
1991年起，民航總局有關部門隱匿下屬單位上繳款項、截留購建職工宿舍結餘款等，私設“小金庫”。截止2005年1月，累計收入8784.33萬元，累計支出4808.05萬元，主要用於發放職工補貼和爲部分職工購買商業保險。
截止2004年底，民航總局向原所屬企業收取的用於彌補機場虧損、還貸補貼等行業宏觀調控的行業集中收入累計結餘4.37億元，未納入部門預算管理。
民航總局所屬空管局問題涉及：違規購置辦公樓並轉移資產，有關人員涉嫌私分公款；挪用償債準備金兩億元違規放貸，獲利279.90萬元；長期挪用民航基金。審計署還指出，民航總局未完全落實以往審計決定。1996年7月至1998年8月，民航總局挪用民航基金6.61億元，通過其所屬金飛民航經濟發展中心等單位購建五星級酒店——京瑞大廈。1999年，審計署作出審計決定，要求民航總局收回上述挪用款項，截止2004年底，仍有9945萬元尚未收回。
國家物資儲備局用國家的錢買股票
1995年，國家物資儲備局以進口物資爲名，撥付該局深圳辦事處所屬深圳華儲實業公司購貨款7600萬元，實際有7545.60萬元被用於購買香港某公司持有的股票。
1992年以來，國家物資儲備局下屬單位深圳華儲實業公司變賣其從國儲局借入的儲備物資後，將獲得的收入等共計7147.25萬元投資海南、武漢等地房產及購買土地，因房產已成爛尾樓，土地長期閒置，目前已累計虧損432.81萬元。
此外，1997年，國家物資儲備局另一家下屬單位、北京華儲物資公司將3000萬元銀行貸款通過成都某公司投資於房地產，後因該公司被註銷，僅收回730萬元，加上利息共計損失2884.04萬元。北京華儲物資公司還投資4100萬元修建高速公路及房地產，淨損失2971萬元。
截止2004年8月，國儲局尚有借出儲備物資約14.04億元逾期未收回。
教育部所屬單位違規收費1.54億元
2003年至2004年，教育部一些所屬單位未經批准自行收費1.54億元，其中全國大學英語四六級考試委員會向各地主考單位歸集英語四六級考試費1.4億元、北京語言大學收取漢語水平考試費1293.93萬元、北京師範大學收取人文社科項目鑑定評審費118.52萬元、教育部學位與研究生教育發展中心收取評審費85.38萬元。
科學技術部轉移1500萬元科技經費只爲報銷餐費交通費
截止2004年底，科技部辦公廳、基礎研究司、條件財務司共將財政預算安排的科技資金1500萬元，轉移存放在鋼鐵研究總院、中國農業科學研究院蔬菜花卉研究所、北京理工大學等單位，並由其支配使用，脫離部門財務監管。至審計時，這些司(廳)已從中報銷各種費用404.40萬元，向其他單位撥款379萬元，結餘716.60萬元。
科學技術部有關下屬單位違規使用863計劃課題經費2632.50萬元投資辦企業。
2004年3月，科技部在安排年度預算時，76.25億元科技專項資金中僅有18.18億元落實到具體單位和項目。至2004年末，歷年結餘的科技專項資金6.19億元仍滯留在科技部本級。
1998年7月，原中國生物工程開發中心(現爲中國生物技術發展中心)在代行分配863計劃生物領域資金過程中，虛列3個科研項目，套取財政資金800萬元用於與民營企業共同開辦公司。有關下屬單位預算編制不實。
2001年至2004年間，中國科技促進發展研究中心在《若干重點產品技術貿易措施研究》等課題預算中編列所謂“試製費”、“燃料動力費”、“測試及化驗費”等，共取得財政資金647萬元。至2004年末，這些課題實際均未發生上述支出。
部分所屬單位科研課題預算編制過大，造成較多結餘。
國土資源部違規投資2.4億元建大廈
2002年，國土資源部未經國務院批准，自行批准所屬航遙中心自籌資金2.4億元建設辦公樓——航遙大廈，截止審計時，已累計完成投資6760萬元。
另外該部門還存在住房公積金預算編報與實際執行差距太大，結餘1.12億元；採礦權價款催繳不力，欠收1.2億元；部門預算12.85億元至年底仍未執行等問題。
國家旅遊局違規批建分校
2003年至2004年，爲迴避國家發改委審批，國家旅遊局先後批准所屬中國旅遊管理幹部學院投資2900萬元建設涿州分院、機關服務中心投資2700萬元建設涿州後勤基地，至2004年底，已完成投資1265.29萬元。
國家旅遊局違反“收支兩條線”，截止2004年底，違規收費1111.59萬元。其通過境外辦事機構將622.92萬元財政資金轉入機關服務中心。近年來，其未按規定用途使用的資金和在無預算安排的情況下撥款達2598萬元。其信息中心部分幹部違規兼職。
國家自然科學基金1.1億元預算資金成呆壞賬辦公司賠了1190萬元國有資產
1994年至1998年，自然科學基金會將預算資金存入6家非銀行金融機構，由於非銀行金融機構資不抵債被清算、存款被詐騙等原因，截止2004年底，尚有1億元本金未收回。另外，自然科學基金會利用國家自然科學基金，有償資助科技成果轉化，截止2004年底尚有1000萬元本金未收回。
1998年至1999年，自然科學基金會將對所屬方德公司的借款1190萬元轉作對方德公司的投資。後因方德公司嚴重虧損，經清算，確認投資已無法收回，形成國有資產損失。
此外，其預算資金撥付率低，2004年財政資金結存20.22億元。其向財政部編報項目支出預算21.6億元，卻未細化到具體項目，並滯留專項資金1.16億元。
中國紅十字會總會下屬中心違規收費連白血病患者都不放過
中國紅十字會總會未經批准收費941.65萬元。其中2003年至2004年，其所屬中國造血幹細胞捐獻者資料庫管理中心向白血病患者收取“檢索相合費”和“管理服務費”81.99萬元。2000年至2004年，所屬機關服務中心在賑災物資採購中向供貨單位收取“服務費”778.93萬元。
2003年至2004年，中國造血幹細胞捐獻者資料庫管理中心還將財政部撥付的用於檢測項目的彩票公益金購置小轎車、旅行車63.31萬元，列支辦公用房租金59.61萬元。
2003年至2004年，其未執行補助地方網絡建設項目預算1500萬元。
中國科學院下屬單位公款積存300多萬元
中科院2004年預算中，有21.54億元年初未細化到具體項目及執行單位。在未安排預算的情況下，撥付所屬空間科學與應用研究中心知識創新經費2100萬元。所屬光電研究院等單位5333.40萬元基建資金未在報表中反映；所屬自動化研究所賬表少反映490.86萬元對外投資。
中科院下屬雜誌社公款私存300餘萬元，1995年8月以來，其所屬中國科學雜誌社的財務負責人將郵匯到雜誌社的“版面費”等存入個人儲蓄賬戶，截止2004年底，累存336.48萬元。所屬科學出版社等單位違規出借資金1129.01萬元。
農業部下屬單位用項目資金投資房地產面臨損失
1993年至1994年，農業部所屬全國畜牧獸醫總站與中國種畜進出口公司合作，將項目資金317.5萬元投資房地產，由於合作項目停工，且時間已超過10年，資金面臨損失。
2004年，農業部所屬農科院科技管理局用國家“九五”、“十五”攻關課題經費結餘37.89萬元，購置小轎車。
另外，該部2004年年初預算未細化到具體項目或單位16.98億元；所屬單位擠佔行政事業類項目資金1207.41萬元；所屬單位虛列支出184萬元。
衛生部下屬單位拿專項結存資金近200萬元買汽車
2003年至2004年，衛生部所屬衛生監督中心未經批准，動用其管理的健康相關產品評審項目結存資金191.83萬元，購置帕薩特等轎車6輛、別克麪包車1輛。
2002年至2004年底，其閒置財政專項資金6.33億元；預算編制未細化到具體項目和單位9822.51萬元；本級481.07萬元專項經費長期由下屬單位代管；1292.05萬元行政事業性收費未執行“收支兩條線”管理規定。
國務院國有資產監督管理委員會下屬單位用900多萬元公款買了分紅保險、投資基金
2004年，國資委管理的中國紡織工業協會用900多萬元購買了分紅保險和投資基金。
截止2004年11月末，國資委管理的中國建築材料工業規劃研究院和中國紡織工業協會私設“小金庫”90多萬元。
此外，其管理的一些單位多報領預算資金3106.12萬元；未經批准調劑使用預算資金230萬元。
外交部
1994年，外交部在某投資公司存入4筆定期存款共計3000萬元，期間收回本息1734萬元，後因該公司被撤銷，剩餘本息1900萬元面臨損失。
2004年，外交部在日常公用經費中，列支未列入財政部覈定預算的辦公樓、培訓中心等改擴建工程支出1880.30萬元。另外，外交部將2004年底前預撥給北京尚志建築裝飾工程有限責任公司的工程材料款2788.20萬元，列爲當年工程項目支出。
國防科學技術工業委員會
2004年，國防科工委機關超預算支付物業管理費1150萬元，北京航空航天大學和北京理工大學在元相應預算的情況下，從專項經費中支出人員費用173.12萬元和73.94萬元。此外，北京理工大學基本建設自籌資金不到位，佔用其他項目財政資金3718.06萬元，還私設“小金庫”137.80萬元。國務院機關事務管理局
2004年初安排中央預算內投資計劃預留比例爲當年投資計劃的7.96%，超過了國務院規定的3%的比例；2001年至2004年，所屬住房資金管理中心違規出借和批准使用售房款2202.26萬元。
公安部
對外借款218.06萬美元、4210萬元人民幣未及時收回。該部已責成有關部門正在對長期掛賬的借出款項進行清理。
司法部
未批覆所屬單位預算1.4億元，未及時清理往來款項1489.09萬元。
建設部
所屬中規院自籌基建支出5195.5萬元未納入當年預算；所屬中規院對外投資200萬元存在風險；建設部機關服務中心687.22萬元經濟適用房配售款未按規定實行專戶管理；所屬中國工程建設標準化協會私設“小金庫”30.73萬元。
中國社會科學院
2004年，社科院爲所屬38個二級預算單位代編代報預算草案，涉及金額2.47億元；截止2004年底，社科院本級和工業經濟研究所等32個所屬單位未經財政部門覈准，違規開設43個銀行賬戶；經濟管理出版社出借銀行賬戶，累計發生額629.81萬元；部分所屬單位年末結餘少反映資金2294.99萬元。中國地震局
2004年，部門預算中爲經費自理單位編報基本支出預算230.77萬元；在部門預算中爲所屬機關服務中心重複編報基本支出預算770.03萬元；中國數字地震觀測網絡項目預算執行率低。
國家電力監管委員會
2004年，違規多報人員經費預算222.16萬元；未經批准自行調整項目預算585萬元；虛列支出122.3萬元，少計固定資產1709.06萬元。
中國殘疾人聯合會
財政性結餘資金8200多萬元未納入預算管理；向下屬單位收取的管理費355萬元未納入本級財務統一覈算；部分項目支出未嚴格執行預算。
中國法學會
擠佔財政專項資金45.3萬元；會議費收入62萬元未納入本級財務統一管理；未結轉收入197.37萬元。
水利部
水利部2004年初基本建設支出40.41億元預算資金年初未細化到單位或項目；1.2億元基建預撥款長期掛賬；2004年，用財政資金926萬元安排所屬經費自理事業單位基本支出；2004年，未及時撥付水利建設基金14.17億元和庫區建設基金3.41億元；超範圍安排水利前期工作投資計劃457萬元；未嚴格按程序下達水利前期工作投資計劃1425萬元。
此外，水利部所屬小浪底建設管理局未經批准修建綜合服務樓；中國水利水電科學研究院6個基本建設項目進展緩慢，影響資金使用效益。
商務部
有些項目預算編制不實、結餘過大，影響財政資金使用效益；未經報批，商務部所屬中國食品土畜進出口商會向其會員企業收取發展基金1501.99萬元；部分所屬單位未按規定及時上繳配額招標收入。
國家質量監督檢驗檢疫總局
2004年，所屬北京出入境檢驗檢疫局等單位擠佔挪用財政專項資金388.74萬元用於購置辦公傢俱，交物業費和信息化建設。此外，該局未及時批覆所屬單位預算2.62億元；所屬中國計量科學研究院自行調整科研項目預算658萬元；未落實科研配套資金4896萬元。
國家環境保護總局
2003年至2004年，其所屬中日環保中心多報項目支出預算128.44萬元，所屬環境工程評估中心、環境監測儀器質量檢驗中心違規收費1244.57萬元。另外，該局未經審批，自行建設投資規模3520萬元的綜合服務樓；本級及所屬單位未按規定使用財政資金2903.1萬元；項目預算執行緩慢，閒置財政資金2.83億元。
國家廣播電影電視總局
該局及所屬4個單位多報領住房公積金預算9084.57萬元，形成專項結餘；該局未向所屬單位批覆“其他廣播電影電視事業費”預算2.75億元。此外，廣電集團多報領人員經費和公用經費預算3367.12萬元；網絡中心未經批准，轉讓原值1120萬元的國有股權，違規處置轉讓收入；網絡中心違規建設項目；部分所屬單位執行預算不嚴格。
信息產業部
至2004年底，該部行業職業技能考試資料工本費289.01萬元未及時繳入財政專戶；2003年、2004年，未按規定程序申報項目預算4.35億元。此外，中國電子信息產業發展研究院科研樓改造工程未按規定審批和實行招投標。
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